西安交通大学第一附属医院财务部在总会计师的直接领导下，按照“统一领导，集中管理”的财务管理体制，行使医院的会计核算和财务管理职能。负责制定医院财务管理和内部控制制度，建立会计账簿，设置会计科目，开展会计、成本、基本建设会计核算工作；负责财务预、决算报表的编报和分析工作；承担经济核算和绩效分配核算工作以及职工薪酬发放；负责做好门诊收费、出入院结算工作；负责新医疗服务项目的申报，履行医疗物价管理职能；参与经济活动的调研、论证和经济合同的审核工作；负责医院和科室经济状况的分析工作；依法申报纳税工作；负责财务软件的维护，会计档案管理等工作；配合有关部门加强对医院国有资产的管理，保证国有资金的安全完整和保值增值。

财务部下设门诊收费、出入院结算、会计核算、预算及管理等四个部门。截止201６年６月，共有在编职工102人，其中具有高级会计师资格人员８人，中级职称９人；研究生学历２人，本科学历75人。近年来中标省部级科研课题三项，院级基金三项，在国内外期刊发表相关论文65篇。

财务部设有党支部、团支部和工会小组等组织机构。全体党员干部在总会计师和部长的带领下，秉着“科学理财 方便医患”的办事宗旨，在制度建设、预算管理、内部控制、人才培养、信息化建设、廉政防控、工作创新等方面做了大量工作，先后制定28个制度，编印2部科目使用说明，5部工作手册；医院的院科两级经济运行分析工作被国家卫生计生委财务司主编的《医院经济管理创新》（人民卫生出版社２０１６年出版）一书收录，作为亮点进行宣传交流。2012年获省财政厅 “全省会计基础工作规范知识竞赛优秀组织奖”；省统计局“2012年陕西省投入产出调查先进集体”；卫生部2012年度预算执行进度“先进单位”。获国家卫计委 “2013年度部门决算考核先进单位”； 2014年获陕西省财政厅行政事业单位内部控制知识竞赛“优秀组织奖”；2015年获国家卫生计生委“2015年度部门预算编报先进单位”；获国家卫计委和《中国医院院长》杂志社联合举办的2015“济民可信杯”中国最佳医院管理团队（医院财务管理）五星单项奖。近两年来财务部还产生了4名会计（后备）领军人才（其中省级和国家级（卫计委后备）会计领军人才各2名）；2016年财务部成为陕西省卫计委首批“全省公立医院财会人员进修”培训基地。